Jonathan é acusado do assassinato de Williams da Silva Santos, morto a tiros, no dia 2 de janeiro de 2015, na localidade conhecida como Grota do Cigano, no Jacintinho.
De acordo com investigações, ele teria participado do crime em companhia de José Manoel da Silva Pereira e Danilo Oliveira Ferreira, este último preso no último dia 14.
Após ser preso, Jonathan foi conduzido à Central de Flagrantes II, localizada no Complexo de Delegacias Especializadas (Code), no bairro de Mangabeiras, e ficará à disposição da Justiça.