O Tribunal de Contas da União encontrou falhas na execução do Programa Doação, Captação e Transplante de Órgãos e Tecidos. O programa tem por objetivo reduzir o tempo de espera em filas de candidato a transplante, por meio da otimização do uso de órgãos e tecidos, recursos operacionais, humanos e assistenciais na área de transplante, no entanto a auditoria operacional realizada identificou que não existem mecanismos eficientes para diminuir as dificuldades de acesso aos transplantes. Há indícios que os critérios estabelecidos para a distribuição dos órgãos podem ter sido desconsiderados.
O TCU verificou ainda que há deficiências nas atividades de planejamento, gerenciamento, execução, controle e monitoramento das ações do programa. A articulação entre os diversos componentes do Sistema Nacional de Transplantes (SNT) não é satisfatória, o que dificulta todo o gerenciamento do sistema e, inclusive, o aproveitamento de órgãos disponibilizados entre as centrais estaduais e regionais de notificação, captação e distribuição de órgãos, nos casos em que não existe a possibilidade de utilização dos órgãos no estado de origem.
Além disso, os sistemas informatizados em uso pelo programa nos vários estados não são seguros contra fraudes, não permitem o acompanhamento das alterações realizadas e nem a consolidação das listas de espera ou dos dados estatísticos em âmbito nacional.
O tribunal determinou ao Departamento Nacional de Auditoria do SUS (Denasus) que realize auditoria ou inspeção para apurar se há desrespeito à lista única na Bahia, Pernambuco, Rio Grande do Sul e Pará e no Distrito Federal, ou outras irregularidades, como a possibilidade de faturamento indevido das captações de córnea no Pará.