Os três alagoanos já conhecem seus adversários na Copa do Brasil 2016. Conforme estava programado pelo emparelhamento, o Coruripe seria o clube alagoano a enfrentar uma equipe de mais destaque no país. No sorteio, o Hulk receberá o Botafogo(RJ).
O ASA novamente estreia indo para a região Norte. O alvinegro gigante irá a Rondônia e enfrentará o Genus, com o primeiro jogo sendo realizado em Rondônia e o fator de vitória por dois gols garantindo a eliminação do time da casa.
Já o CRB irá para o Centro-Oeste e enfrentará o Ivinhema(MS) em sua estreia na Copa do Brasil. O jogo será a no Mato Grosso do Sul, com o CRB tendo direito de eliminar o adversário caso vença a 1ª partida na casa do adversário por dois gols de diferença.
A sorteio também apresentou os possíveis confrontos para 2ª fase. Caso consiga a classificação, o ASA enfrentará o vencedor de Ponte Preta ou Caldense. Já o CRB terá como adversário em caso de classificação o vencedor do confronto entre Vasco x Remo(PA). Já o Coruripe eliminando o Botafogo(RJ) poderá enfrentar o Cuiabá (MT) ou o Juazeirense(BA).