Executivos ligados à construtora foram denunciados após a 7ª fase da operação, deflagrada em novembro de 2014, que investigou irregularidades em contratos da Petrobras com empreiteiras.

O processo teve por objeto contratos e aditivos da Mendes Júnior com a Petrobras na Refinaria de Paulínia (Replan), na Refinaria Getúlio Vargas (Repar), no Complexo Petroquímico do Rio de Janeiro (Comperj), no Terminal Aquaviário Barra do Riacho, na Refinaria Gabriel Passos, e nos Terminais Aquaviários de Ilha Comprida e Ilha Redonda.

Segundo a CGU, a decisão que levou o órgão a declarar a Mendes Júnior inidônea foi baseada em informações obtidas com a Justiça Federal, o Ministério Público Federal (MPF), o Conselho Administrativo de Defesa Econômica (Cade) e a Petrobrás.