No segundo dia, os estudantes terão cinco horas e meia para fazer as provas de matemática (45 testes) e linguagens, também com 45 testes, além de uma redação do tipo dissertativo. Neste sábado (5), foi a vez de fazer as provas de ciências da natureza (biologia, química e física) e ciências humanas (geografia e história).
O primeiro dia da prova foi marcado por confusão em algumas cidades. Em São Paulo, estudantes que estiveram em uma faculdade em Santo Amaro, na Zona Sul, reclamaram que o local de prova indicado no questionário socioeconômico estava errado. E que, até acharem o local certo, perderam o horário do teste. Em outro local de prova, um grupo de retardatários chegou a chacoalhar os portões.
Em Belo Horizonte e no Rio de Janeiro também houve tumulto. Em Minas, um portão chegou a ser arrombado por um grupo de estudantes que chegou atrasado.
O Ministério da Educação (MEC) divulgou, em nota, neste sábado que "a prova foi realizada dentro de absoluta tranqüilidade, apenas com registro de ocorrências comuns relativas a alunos que se apresentaram atrasados". Também informou que as provas nas cidades de Brejetuba e Itatiba, no Espírito Santo, foram adiadas em função da ocorrência de enchentes.
Os portões de acesso aos locais de prova serão abertos às 12h e fechados às 12h55. Em todo o país, as provas começarão às 13h (horário de Brasília). A recomendação é chegar com uma hora de antecedência para evitar atrasos. O estudante que mora em locais com o fuso diferente do de Brasília deve ficar atento ao horário da capital federal, que adotou o horário de verão.
A consulta também pode ser feita pelo telefone do Fala Brasil (0800 61 61 61). A ligação é gratuita. A entrega das respostas do questionário socioeconômico do Enem 2009 no dia da prova é voluntária.
As provas do Enem, inicialmente marcadas para os dias 3 e 4 de outubro, tiveram de ser remarcadas após ocorrer o vazamento dos cadernos de questões na gráfica, em São Paulo. Cinco pessoas foram indiciadas pelo ocorrido. Depois do episódio, diversas instituições desistiram de usar o resultado do Enem no seu processo seletivo, como a Universidade de São Paulo (USP) e a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp).